我在python中实现了一个程序,该程序从蛋白质fasta文件构建一些数据库. fasta文件是包含一些大分子序列的文本文件.您可以阅读有关here的更多信息.
我的程序从每种蛋白质生成一个肽列表,它们是蛋白质片段.为了我的目标,该程序在SQLite中构建和查询数据库.
您知道是否有很多技巧可以在python中更快地填充或查询sqlite数据库吗？
如果我使用SQLAlchemy等层或ORM,是否可以提高性能？
解决方法:
您不会提高性能,ORM层会增加一些开销,但是您可能可以更轻松地进行实验.在给定数据大小的情况下,您可能可以达到create the database in memory,这会更快.或者,您可能希望查看其他类型的数据库,例如redis.
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